Lokalkuratie - Pfarre
Hetzendorf war ursprünglich eine Filiale der Pfarre Atzgersdorf. Im Zuge der Josephinischen Pfarregulierung wurde aus verschiedenen Gründen Hetzendorf 1783 von Atzgersdorf getrennt zur eigenen Lokalkuratie (Pfarre) gemacht und mit Probst Jakob von Stern als erstem Lokalkuraten besetzt. Im Jahre 1807 wurde Hetzendorf eine Filiale von Altmannsdorf, was es bis 1831 blieb. Nach Wiedererrichtung der Lokalkuratie (1832 - 1833 und Ernennung von Michael Neuwirth zum Kuraten und Schloßkaplan) blieb die k. k. Schloßkirche bis 1910 gleichzeitig auch Hetzendorfer Pfarrkirche.
Ab 1910 die Schloßkirche als Rektoratskirche
Nach Errichtung der Rosenkranzkirche wurde die Schloßkirche wegen der Lage im alten Ortskern und der zeitweiligen Anwesenheit von Mitgliedern des Erzhauses - das nachmalige Kaiserpaar Karl und Zita wohnte beispielsweise hier - als Hofkaplanei weitergeführt. Erzherzogin Adelhaid wurde im Schloß geboren und in der Schloßkirche getauft. Von 1910 - 1915 führte der pensionierte Pfarrer Johann Ev. Rapp die Schloßkirche und von 1915 - 1923 Ehrenkanonikus Leopold Brychta. Im Zuge der Umwälzungen nach dem Ersten Weltkrieg wurde das "Pfarrerstöckl" mit fremden Mietern, beziehungsweise dem Künstler Hanak besetzt und auch die Profanierung der Schloßkirche als Invalidenkino soll geplant gewesen sein.
Einer diesbezüglichen Bitte Kaiser Karls entsprechend übernahm auf Intervention des Barons Novak-Arienti 1923 der Militärprovikar des österreichischen Bundesheeres, Prälat Karl Koczy, das Rektorat und bezog einige Räume im Hauptgebäude des Schlosses. Eine Wohnung für den Rektor konnte im "Pfarrerstöckl" erst wieder nach dem zweiten Weltkrieg erworben werden. Doch waren durch das Auftreten Karl Koczys das Rektorat und die Kirche gerettet. Koczy blieb bis 1943. Während dieser Zeit wurde am Ort des heutigen Mariensaales für den damaligen »Reichsbund« am 16. Oktober 1927 ein Versammlungssaal durch Prälat Ignaz Seipel eingeweiht. Der Saal ging 1938 im Zuge der Besetzung Österreichs durch das Deutsche Reich verloren und konnte erst 1972 durch Rektor DDr. Alfred Kolaska für das Rektorat zurückgewonnen und 1980 vergrößert werden.
Der bisher schwärzeste Tag für die Schloßkirche war wohl der Bombenangriff am 17. Oktober 1944, der das Gotteshaus in einer Weise beschädigte, daß der damalige Rektor Würzl bereits seinen Totalverlust befürchtete. Es gelang ihm aber noch kurz vor seinem Todesleiden, eine provisorische Eindeckung des stehengebliebenen Kirchenschiffes zu erreichen.
Sein Nachfolger, Konsistorialrat Georg Wagner (1947 - 1966) konnte dann in mühevoller, fast zwanzigjähriger Aufbauarbeit das Gotteshaus mit Hilfe zahlreicher guter Menschen wiederherstellen. Die Verheerungen der Jahre 1938 - 1945 konnten schließlich erst durch die Wiedergewinnung des Mariensaales 1972 und die Aufstellung eines neuen Beichtstuhles 1977 als behoben gelten. Allerdings konnten die Schäden im Innenraum nach dem 2. Weltkrieg aus verschiedenen Gründen teilweise nur mangelhaft ausgebessert werden. Sie wurden durch die zusätzlichen Auswirkungen des starken Erdbebens 1972 unübersehbar. In der Folgezeit bedurfte es vieljähriger Bemühungen, eine gründliche Totalrenovierung des Innenraumes vorzubereiten, zwischendurch kamen Schloß und Kirche 1989 aus dem Besitz des Bundes in das Eigentum der Stadt Wien. Die Stadt Wien verkaufte das Schloß nach 10 Jahren an die »Tecto - Immobilien AG«, das Hauptgebäude, in dem sich die Kirche befindet, blieb jedoch im Besitz der Stadt Wien und beherbergt weiter die »Modeschule der Stadt Wien«, wobei das Rektorat Schloßkirche natürlich einen eigenen Hoheitsbereich bildet. Tecto Immobilien AG verkaufte aber bereits wieder an Convert-Immobilien-Invest.
Totalrenovierung
Mit großartiger Hilfe des Denkmalamtes gelang unter Rektor Prof. DDr. Alfred Kolaska die Totalrenovierung in den Jahren 1995 - 1999, beziehungsweise 2000.