Die Hauptprobleme, mit denen er sich in seinem Pontifikat befassen musste, waren die Abwehr der Türken in Europa sowie das Verhältnis des Kirchenstaates zu Frankreich. Er versuchte während seines ganzen Pontifikats, die christlichen Fürsten Europas für eine Heilige Liga im Kampf gegen die Türken zu gewinnen.
Am 31. März 1683 gelang es ihm, den polnischen König Jan Sobieski und den Kaiser Leopold I. zu einem Defensivbündnis zu überreden. Innozenz XI. unterstützte das Bündnis und den Kampf gegen die Türken mit 1,5 Millionen Gulden. So gelang dann auch am 12. September 1683 die Befreiung Wiens von der Belagerung durch die Türken. Das Türkische Heer wurde vernichtend geschlagen und weit nach Ungarn zurückgedrängt.
Sein Einsatz bei der Abwehr der Türken brachte ihm später durch Historiker den Beinamen Verteidiger des christlichen Abendlandes ein. Zur Feier dieses Siegs führte er den Festtag Mariä Namen für die gesamte Weltkirche ein.
Der Selige P. Marco d' Aviano kam am 17. November 1631 in Aviano (Friaul) als Sohn des Pasquale Cristofori (auch Christophori geschrieben) und der Rosa geb. Zanoni zur Welt und wurde auf den Namen Carlo Domenico getauft.
1648 trat er in den Kapuzinerorden ein und legte am 21. November 1649 die Ordensgelübde ab, wobei er den Namen Marco erhielt. Nach dem Theologiestudium wurde er am 18. September 1655 zum Priester geweiht. Er wirkte als Prediger in ganz Italien.
Eine wunderbare Heilung 1676 machte ihn über die Grenzen Italiens bekannt. Seine Predigten in lateinischer oder italienischer Sprache, bei denen er eine Vertiefung des Glaubens, ein Bereuen der Sünden und Buße forderte, waren oft von Massenbekehrungen und Wundern begleitet.
Nach dem Zusammentreffen mit Kaiser Leopold I. im Jahr 1680 wurde er sein freundschaftlicher Berater und Seelsorger. 1683 war er päpstlicher Legat bei der 2. Türkenbelagerung Wiens. Er überredete Karl V. von Lothringen, dem polnischen König Johann III. Sobieski den Oberbefehl des Entsatzheeres zu überlassen und rasch gegen Wien vorzurücken. Er wird deshalb auch als Retter Wiens bezeichnet. Bis 1689 nahm er als Prediger und Seelsorger an Feldzügen gegen die Türken teil.
Er ist in der Kapuzinerkirche in Wien bestattet.