Die Hauptprobleme, mit denen er sich in seinem Pontifikat befassen musste, waren die Abwehr der Türken in Europa sowie das Verhältnis des Kirchenstaates zu Frankreich. Er versuchte während seines ganzen Pontifikats, die christlichen Fürsten Europas für eine Heilige Liga im Kampf gegen die Türken zu gewinnen.
Am 31. März 1683 gelang es ihm, den polnischen König Jan Sobieski und den Kaiser Leopold I. zu einem Defensivbündnis zu überreden. Innozenz XI. unterstützte das Bündnis und den Kampf gegen die Türken mit 1,5 Millionen Gulden. So gelang dann auch am 12. September 1683 die Befreiung Wiens von der Belagerung durch die Türken. Das Türkische Heer wurde vernichtend geschlagen und weit nach Ungarn zurückgedrängt.
Sein Einsatz bei der Abwehr der Türken brachte ihm später durch Historiker den Beinamen Verteidiger des christlichen Abendlandes ein. Zur Feier dieses Siegs führte er den Festtag Mariä Namen für die gesamte Weltkirche ein.